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单卡N260部署AlphaFold

yls
2026年6月8日
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    yls
    Members 6 posts
    2026年6月8日 09:57 2026年6月8日 09:57
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    单卡N260部署AlphaFold,是否有相关镜像可以提供,或者相关操作流程与步骤

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    • By shuai_chen on 2026年6月8日 10:05.
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    shuai_chen
    Members 650 posts
    2026年6月8日 10:08 2026年6月8日 10:08
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    尊敬的开发者您好,请使用沐曦开发者社区pytorch镜像,在镜像里安装mcjax软件包developer.metax-tech.com/softnova/search?package_name=maca-jax-0.4.34-py312-3.7.2.0-x86_64.tar.xz

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    yls
    Members 6 posts
    2026年6月8日 10:10 2026年6月8日 10:10
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    可以在docker 的pytorch镜像环境中,使用jax进行启动可以吗
    python run_alphafold.py \
    --json_path=test.json \
    --model_dir=models \
    --output_dir=output \
    --db_dir="" \
    --run_data_pipeline=false

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    shuai_chen
    Members 650 posts
    2026年6月8日 10:15 2026年6月8日 10:15
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    尊敬的开发者您好,可以启动

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    yls
    Members 6 posts
    2026年6月9日 09:38 2026年6月9日 09:38
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    jaxlib.xla_extension.XlaRuntimeError: RESOURCE_EXHAUSTED: Shared memory size limit exceeded: requested 98304, available: 65536
    会出现共享内存不足的问题,请问有解决方案吗

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    shuai_chen
    Members 650 posts
    2026年6月9日 09:39 2026年6月9日 09:39
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    尊敬的开发者您好,请给出容器启动命令

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    yls
    Members 6 posts
    2026年6月9日 09:55 2026年6月9日 09:55
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    python run_alphafold.py \
    --json_path=test.json \
    --model_dir=/data/alphafold3/models \
    --output_dir=./output \
    --norun_data_pipeline \
    --flash_attention_implementation=xla

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    shuai_chen
    Members 650 posts
    2026年6月9日 09:56 2026年6月9日 09:56
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    尊敬的开发者您好,是docker run命令

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    yls
    Members 6 posts
    2026年6月9日 09:57 2026年6月9日 09:57
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    现在是在conda虚拟环境中,没有用docker

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    shuai_chen
    Members 650 posts
    2026年6月9日 11:00 2026年6月9日 11:00
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    尊敬的开发者您好,请参考developer.metax-tech.com/forum/t/fa-tie-qian-bi-kan-jing-xiang-shi-yong-wen-ti-ti-wen-mo-ban/267/ 给出环境信息以及详细日志

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    • By shuai_chen on 2026年6月15日 10:25.
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